病原微生物是指可以侵人體，在宿主中生長(zhǎng)繁殖、釋放毒性物質(zhì)等引起機(jī)體不同程度病理變化、發(fā)生感染的微生物，包括細(xì)菌、病毒、真菌、寄生蟲、衣原體、支原體等。病原微生物檢測(cè)并非新領(lǐng)域，基于病原學(xué)證據(jù)的抗感染一直都是臨床診療的'金標(biāo)準(zhǔn)'。如果能盡早識(shí)別致病病原、啟動(dòng)恰當(dāng)?shù)目垢腥痉桨缚筛纳苹颊哳A(yù)后，尤其是重癥感染者。病原微生物檢測(cè)在感染判定中意義重大，越來越多的檢測(cè)技術(shù)引入臨床，除了傳統(tǒng)的檢測(cè)方法如涂片染色、培養(yǎng)分離、免疫學(xué)技術(shù)、核酸檢測(cè)等，還有新興的二代測(cè)序技術(shù)(Next-generationsequencing，NGS)等。

　　傳統(tǒng)的病原微生物檢測(cè)方法：

　　傳統(tǒng)的病原微生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室檢查以染色、培養(yǎng)、生化鑒定等為主，將標(biāo)本直接涂片染色鏡檢和接種在培養(yǎng)基上進(jìn)行分離培養(yǎng)是對(duì)細(xì)菌或真菌感染性疾病進(jìn)行病原學(xué)診斷的常用方法。

　　1、直接涂片鏡檢病原微生物體形體積微小，大多無色半透明狀，將其染色后可借助顯微鏡觀察其大小、形態(tài)、排列等。直接涂片染色鏡檢簡(jiǎn)便快速，對(duì)那些具有特殊形態(tài)的病原微生物感染仍然適用，例如淋球菌感染、結(jié)核分枝桿菌、螺旋體感染等的早期初步診斷。直接涂片鏡檢不需要特殊的儀器和設(shè)備，在基層實(shí)驗(yàn)室里仍然是十分重要的病原微生物檢測(cè)手段。

　　2、分離培養(yǎng)與生化反應(yīng)分離培養(yǎng)主要用于臨床標(biāo)本(如血液、痰、糞便等)或培養(yǎng)物中有多種細(xì)菌時(shí)對(duì)某一種細(xì)菌的分離。細(xì)菌的生長(zhǎng)繁殖需要一定時(shí)間，檢測(cè)周期較長(zhǎng)，不能同時(shí)處理批量樣本。為解決這一問題，各種自動(dòng)化培養(yǎng)和鑒定系統(tǒng)不斷產(chǎn)生，傳統(tǒng)鑒定方法也在逐步改進(jìn)，大大加快了檢驗(yàn)速度。例如MicroscanWalLCAway全自動(dòng)微生物分析儀，可同時(shí)做細(xì)菌鑒定和藥敏試驗(yàn)，檢驗(yàn)500多個(gè)菌種。苛養(yǎng)菌如肺炎鏈球菌、淋病奈瑟菌、流感嗜血桿菌等對(duì)營(yíng)養(yǎng)要求比較高，常規(guī)培養(yǎng)陽性率低。雍剛等將不要同比例的葡萄糖、玉米淀粉、生長(zhǎng)因子、酵母粉、氨基酸等特殊增菌劑加入到巧克力培養(yǎng)基中制成了新型淋病奈瑟菌培養(yǎng)基，大大提高了淋病奈瑟菌的分離培養(yǎng)率。蘇盛通等在營(yíng)養(yǎng)瓊脂中加人了中藥紅棗、赤小豆培養(yǎng)甲型鏈球菌、乙型鏈球菌、肺炎鏈球菌等細(xì)菌，生長(zhǎng)指數(shù)明顯高于血平板。

　　3、組織細(xì)胞培養(yǎng)活組織細(xì)胞培養(yǎng)適于專營(yíng)活組織細(xì)胞內(nèi)生存的病原體，包括病毒、立克次體、衣原體等。不同病原體敏感的組織細(xì)胞是不一樣的，將活細(xì)胞從病原體敏感的動(dòng)物組織中取出在體外進(jìn)行原代培養(yǎng)或用病原體敏感細(xì)胞系進(jìn)行傳代培養(yǎng)，再將病原體接種于相應(yīng)的組織細(xì)胞中后，病原體可在其中繁殖增長(zhǎng)，引起特異性的細(xì)胞病變效應(yīng)。也可以將病原體直接接種于敏感動(dòng)物體內(nèi)，引起相應(yīng)組織器官出現(xiàn)特異的病理學(xué)改變。往往可以根據(jù)這些特異的病變對(duì)病原體進(jìn)行鑒定。